daher sollten wir die getrennte veranlagung machen, so dass meine frau das geld bekommt und ich von dem geld die nachzahlung von mir bezahle.
Das ist so schon mal falsch und vermutlich ein schlechter Rat. Auch bei Zusammenveranlagung muß das FA die Steuererstattung an Ihre Frau auszahlen, soweit sie ihr zusteht. Die Berechnung ist etwas anders als bei der getrennten Veranlagung, insgesamt (also auf beide Ehegatten bezogen) ergibt sich in der Regel bei Zusammenveranlagung aber ein günstigeres Ergebnis. Muß man ausrechnen.
Zur Verrechnung:
Eine Verrechnung der Steuererstattung Ihrer Frau mit Ihrer Nachzahlung (vermutlich geht es um das Jahr 2009?) ist bei getrennter Veranlagung schon mal unzulässig, weil es an der Gegenseitigkeit fehlt (§§ 226 AO, 387 BGB). Allerdings macht das in Summe nix aus, weil Sie das ja sonst zahlen müssten.
Bei der Verrechnung mit Ihren alten Steuerschulden stellt sich die Frage, um was für Steuern es eigentlich geht. So wie Sie das schildern, handelt es sich um Einkommensteuer, was - trotz Insolvenz - einen damaligen Gewinn voraussetzen würde. Oder handelte es sich um Schätzungen?
Wenn es um Einkommensteuer geht, dann haben Sie seinerzeit einen Fehler gemacht. Bei Zusammenveranlagung haften beide Ehegatten für die Steuernachzahlung als Gesamtschuldner. Man kann allerdings einen Antrag auf Erteilung eines Aufteilungsbescheides (§§ 268ff AO) stellen. Dann darf das FA die Steuern nur von dem Ehegatten einfordern, den sie betreffen. D.h., das FA dürfte die Steuererstattung Ihrer Frau für 2009 nicht mit Ihren Alt-Schulden verrechnen. Da Sie diesen Antrag nicht gestellt haben, durfte es, da hat das FA Recht.
Das führt uns zu der Frage, ob Sie den Antrag nicht auch jetzt noch stellen dürfen. Und das ist dann möglich, wenn die Alt-Schulden durch die Verrechnung noch nicht vollständig getilgt sind. Sprich, wenn die Alt-Schulden incl. Nebenleistungen (Säunmiszuschläge, Zinsen) durch die Verrechnung
vollständig getilgt wurden, dann ist ein Aufteilungsantrag nicht mehr möglich. Wenn noch etwas offen ist, dann können Sie den Aufteilungsantrag auch jetzt noch stellen und die Erstattung der Ehefrau retten.
Es könnte aber natürlich immer noch eine Nachtragsverteilung angeordnet werden.